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| Tails et Knuckles viennent voir Sonic, portant avec eux une lettre du Do. Eggman : |

Cher Sonic Heroes,
Devine quoi, Sonic Heroes ? J'ai finalement developpé l'arme ultime ! Dans trois jours, je vais conquérir le monde ! Pense-tu pouvoir m'arrêter ?
Sincérement, Eggman
Bien sur, Sonic, Tails et Knuckles vont accepter le challenge.
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| Rouge entre dans la base du Do. Eggman pour lui dérober des joyaux, et découvre Shadow et Omega enfermés dans des capsules. Shadow est frappé d'amnesie et ne sais plus comment il a survécu à la bataille contre Biolizard. Comme Omega, il veut retrouver Eggman et savoir pourquoi on l'a mis dans cette capsule. Et finalement les 3 unissent leur force pour se battre contre leur ancien patron. |
| Quand Amy voit la photo de Sonic dans les journaux, elle ne peut rester en place. Big veut retrouver Froggy, et Cream cherche Chocolat, le frère de Cheese. Ainsi il décide de chercher ensemble et forme une équipe. | 
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| L'agence de détective Chaotix accepte n'importe quelle demande, tant qu'elle promet une grosse récompense. Leur dernier job est un peu louche, mais l'affaire est trop bonne pour refuser... |
Une autre team devait sans doute être prévu au départ, mais a été annulée. Elle se composait vraisemblablement de Spunkie, Bunkie, et Ted. |