Après la vidéo d'introduction vous contrôlez le Dr.Eggman pour un premier niveau.
Mission 1 : Allez au centre de la base militaire
Premier niveau de shoot, extrêmement simple. Tirez sur tout ce que vous voyez et apprenez à bien maîtriser le robot d'Eggman.
Une fois le jeu fini revenez ici pour détruire les caisses métalliques à l'aide du Bazooka et vous trouverez un nouvel item : le Laser Blaster.
Après avoir fini le niveau, votre premier boss apparaît. Il s'agit d'un robot. Vous devez le combattre avec Shadow. Evitez ses tirs à la mitrailleuse et aussi ses missiles. Lorsqu'il a touché terre foncez-lui dessus et faites un Homing Attack sur le cockpit.
 Boss Hotshot |
Mission 2 : Ramassez 100 anneaux
Ramassez-les tout en faisant attention.
Mission 3 : Trouvez le Chao perdu
Allez tout d'abord sur les plates-formes au-dessus du vide avec des gros tuyaux jaunes, juste après la porte level 3. Regardez à gauche et sautez sur le tuyau avec un ressort puis cassez la caisse de métal qui elle contient un autre ressort. Prenez la rangée de ressort pour atterrir sur un gros tuyau jaune. Suivez les anneaux puis jouez la Mystic Melody devant le temple. Des plates-formes apparaissent ; prenez-les et montez grâce à la corde. Ensuite dans la salle suivante allez jusqu'à un autre temple et montez sur les plates-formes puis allez tout droit jusqu'au Chao. Attention aux robots.
Mission 4 : Atteignez le but en 4 minutes
Prenez tous les raccourcis possibles.
Mission 5 : Terminez le mode difficile
Mission 1 : Retrouvez 3 morceaux de la Master Emerald 
Les emplacements des morceaux de la Master Emerald étant aléatoires, utilisez les sonars et les indices pour trouver les 3 morceaux et finir le stage.
Attention : en utilisant ces indices vous pénalisez votre note globale. Utilisez la tortue géante pour vous déplacer entre les deux zones. Une des émeraudes peut se trouver dans une prison sous-marine mais impossible d'y aller car le courant y est très fort. Vous voyez une tortue de temps à autre qui nage tranquillement. Accrochez-vous y et elle vous mènera jusque dans la prison. Marchez un peu et vous verrez le morceau d'émeraude.
Après avoir fini le jeu revenez dans ce niveau pour trouver la Mystic Melody.
Mission 2 : Ramassez 100 anneaux
Ramassez-les tout en faisant attention.
Mission 3 : Trouvez le Chao perdu
Dès le début montez le plus haut possible et sur un angle du niveau vous verrez des caisses de métal. Détruisez-les et vous voyez qu'elles cachaient un mur avec des signes égyptiens. Allez en son centre et creusez pour le traverser. Continuez ensuite pour trouver le temple et le chao.
Mission 4 : Ramassez les morceaux de la Master Emerald en 4 minutes
Utilisez le sonar et déplacez-vous vite.
Mission 5 : Terminez le mode difficile
Treasure Scope obligatoire pour cette mission.
Pour le premier morceau, montez sur la plate-forme où il y a les caisses noires et au milieu une caisse en bois. Détruisez la et vous serez projeté vers la le fragment. Planez jusqu'à lui.
Pour le deuxième fragment, sur un mur du niveau vous verrez une énorme fresque. Creusez à l'endroit où est représentée la Master Emerald. Vous serez projeté en direction de la deuxième gemme et vous devrez planer vers elle.
Enfin pour la 3e gemme allez à l'oasis, montez sur la Terre et enclenchez le Treasure Scope. Plongez dans l'eau et vous voyez un ressort. Allez dessus et ce dernier vous enverra directement sur le dernier morceau de la Master Emerald.
Mission 1 : Retournez à la base secrète
Nouveau niveau de shoot encore facile. Comme d'habitude tirez sur tout ce qui bouge. Faites très attention aux sables mouvants et aux plates-formes tournantes. Assurez bien vos sauts pour éviter de perdre des vies.
La Mystic Melody d'Eggman se trouve dans ce niveau.
Mission 2 : Ramassez 100 anneaux
Ramassez-les tout en faisant attention.
Mission 3 : Trouvez le Chao perdu
Après le premier check-point et les plates-formes qui bougent tout le temps continuez le chemin jusqu'à ce que vous arriviez sur une autre plate-forme tournante. Mais n'allez pas vers le deuxième check-point. Allez tout droit et vous verrez une plate-forme assez lointaine. Planez jusqu'à cette dernière et là vous voyez une plate-forme bougeant assez vite. Sautez-y dessus. Détruisez les quatre caisses qui gênent le passage et ensuite planez vers les trois caisses présentes sur la plate-forme à gauche. Le passage ainsi libéré, poursuivez votre chemin jusqu'au Chao.
Mission 4 : Atteignez le but en 4 minutes
Prenez tous les raccourcis possibles.
Mission 5 : Terminez le mode difficile
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